سید مصطفی خمینی (۱۳۰۹-۱۳۵۶ ش)، فرزند بزرگ امام خمینی (رحمةاللهعلیه)، از مجتهدان شیعه و از مبارزین انقلاب اسلامی ایران بود.
ایشان مدارج علمی را نزد اساتید بزرگی همچون: امام خمینی،آیت الله بروجردی، سید محقق داماد، سید محمد حجت کوه کمرهای ،آیت الله خویی و دیگران طی و در ۲۷ سالگی به درجه اجتهاد رسید.
سید مصطفی از ابتدای نهضت امام خمینی در ۱۳۴۲ش وارد فعالیتهای سیاسی شد و به جهت همین فعالیتها دستگیر و به ترکیه و عراق به همراه امام خمینی تبعید شد. مهمترین اقدام وی در تبعید، فعال نگهداشتن نهضت امام خمینی بود. او پیامها و اعلامیههای امام خمینی را به ایران و سایر کشورها ارسال و اخبار نهضت را به اطلاع امام میرسانید.
وی برای تحقق عملی اندیشه حکومت اسلامی تلاش کرد و رساله الاسلام و الحکومة را در این زمینه نگاشت و به موازات فراگیریاصول و فقه به فراگیری فلسفه ، حکمت، کلام، عرفان ، بیان ، نجوم و هیئت، تاریخ،رجال و درایه و تفسیر نیز پرداخت. از ویژگیهای علمی سید مصطفی، دیدگاه و روحیه نقادانهاش در زمینه علوم اسلامی بود. او بر توسعه نقد در مباحث اصولی، توصیه و اصرار داشت. از سید مصطفی تألیفات بسیاری در زمینه علوم اسلامی بهجا مانده که بیشتر آنها به چاپ نرسیده است.
سید مصطفی در ۱۳۵۶ش درنجف بهطور ناگهانی و بهطرز مشکوکی مسموم و درگذشت، پیکرش پس از اقامه نماز میت توسط آیتاللّه خویی، در مقبره علامه حلّی، داخل حرم امیر المومنان (علیهالسلام)، بهخاک سپرده شد. مرگ سید مصطفی به تشدید مبارزه باحکومت پهلوی، تحکیم رهبری امام خمینی، ایجاد وحدت و یکپارچگی در میان نیروهای مخالف حکومت پهلوی انجامید.